Energetický zákon určuje, že Energetický regulační úřad jedná nezávisle. Zákon zdůrazňuje, že nesmí přijímat pokyny od orgánů výkonné moci. Takovým orgánem výkonné moci je i vláda nebo státní zastupitelství.

Vláda či jiný orgán výkonné moci nesmí být tomuto úřadu nadřízeny, aby neměly možnost trestat úřad za rozhodnutí, jež se vládě nelíbí, či naopak odměňovat jej za provládní politiku. Navíc v době, kdy probíhal spor o rozsah podpory pro miliardové obnovitelné zdroje energie, zvláště solární elektrárny. To vylučuje, aby se na vedení tohoto úřadu vztahoval zákon o státní službě, který jinak nad jiné správní úřady nadřazuje Ministerstvo vnitra a vládu. Nezávislost Energetického regulačního úřadu je garantována zákonem a je nutné ji chránit.

Nezávislost úřadu posiluje, že jeho předseda je jmenován prezidentem republiky na návrh vlády a jen prezidentem může být odvolán. Většina ostatních předsedů ústředních správních úřadů je jmenována a odvolávána vládou. Právo tak vytváří specifickou skupinu – Energetický regulační úřad, Úřad pro ochranu hospodářské soutěže a Český statistický úřad, kde upravuje zvlášť statutární poměry jejich předsedů s ohledem na jejich nezávislost.

Pravomoc prezidenta jmenovat a odvolávat předsedy těchto úřadu není formální, ale slouží k ochraně jejich předsedů před momentálními náladami vlády. V praxi se to potvrdilo, když prezident Václav Havel odmítl vyhovět v březnu 2000 návrhu vlády Miloše Zemana na odvolání člena prezidia Komise pro cenné papíry Tomáše Ježka. Komise pro cenné papíry byla úřadem s podobným nezávislým postavením, jako má dnes Energetický regulační úřad. Pokud zákona dává pravomoci prezidentovi ustanovit šéfa určitého úřadu, nemůže si vláda svévolně takového šéfa podrobit. Tím by narušila práva hlavy státu.

Energetický regulační úřad byl zřízen podle evropské směrnice o společných pravidlech vnitřního trhu s elektřinou, směrnice o společných pravidlech vnitřního trhu se zemním plynem a dohody k energetické chartě. Podstatou požadavků evropského práva na tento úřad je jeho nezávislost na orgánech výkonné moci. Směrnice Evropské unie o společných pravidlech trhu s elektřinou vůči regulačním orgánům připouští jen soudní či parlamentní dohled. Je povinností vykládat naše právo v souladu s právem Evropské unie.
Umožňuje-li zákon dva právní výklady, je nutné užít výklad evropsky konformní. Pokud náš stát neplní povinnost nezávislosti Energetického regulačního úřadu, porušuje evropské právo a tím svůj mezinárodní závazek jej dodržovat. Proto nemůže být vláda služebně nadřízena předsedkyni úřadu a nelze na jeho vedení uplatnit zákon o státní služby.

Zdeněk Koudelka